Milattan Önce 500-300 Yılları Arası Gerileme Dönemi

   Athena Tapınağı MÖ 545 tarihlerinde terk edilmişse de yerleşim sürmüş, ancak bundan sonra 200 yıl kadar bir süre eski İzmir önemini ve işlevini yitirmiştir.

MÖ 5. yüzyıl boyunca küçük ancak zengin bir yerleşmenin yer aldığı Bayraklı Höyüğü MÖ 5. yüzyılın sonunda ve özellikle 4. yüzyıl süresince yoğun bir iskâna sahne olmuştur. Bu dönemde, ortalarında büyük avlular olan biri 5, biri 8 ve diğeri 15 odalı olmak üzere üç ev gün ışığına çıkarılmıştır. Bunların, kenti idare eden ve muhtemelen dönemlerindeki Pers etkisine uyarak yakın civardaki Larissa'da olduğu gibi, birer tiran olan beylere ait olmaları akla yakın gelmektedir. Nitekim Yamanlar Dağı'nda hala kısmen korunmuş olan ve önemli kişilerin mezarları olması gereken düzgün krepisli birkaç 4. yüzyıl tümülüsü bu düşünceyi desteklemektedir.

Söz konusu merkezi avlulu büyük üç evden başka birçoğu megarondan bozma dörtgen planlı küçük evler bulunmuştur. Bayraklı höyüğünün bütün üst düzeyinin 4. yüzyıl boyunca evlerle kaplı olduğu söylenebilir. Öyle anlaşılıyor ki Anadolu'daki Pers işgali 4. yüzyılda gücünü yitirmiş ve İyon kentlerinin büyümesine neden olmuştur. Meydana gelen nüfus patlaması ile yüz dönümlük Bayraklı Höyüğü, İzmirlilere küçük gelmeye başladığından, MÖ 300 tarihlerinde Kadifekale (Pagos) eteklerinde yeni İzmir kenti kurulmuştur.